Zanzibar convivono due venti monsonici che si alternano durante l'anno e sono pressoché costanti: Kusi, monsone di sud-est, che soffia da aprile a novembre ed Kaskazi, monsone di nord-ovest, che soffia da dicembre a marzo.

Possiamo suddividere il clima di Zanzibar in tale modo:da marzo a maggio vi è la stagione delle grandi piogge, detta "Masika";da ottobre a novembre vi è la stagione delle piccole piogge, detta "Vuli";da giugno ad ottobre vi è la stagione secca;da novembre a marzo vi è la stagione calda.

Bisogna comunque ricordare che le stagioni non seguono un ritmo ben preciso ed è importante sapere che la parte occidentale dell'isola, dove si trova Stone Town, è di solito più umida e piovosa.

La parte est invece è molto ventilata e secca. Tale visibile aridità è dovuta anche alla conformazione geologica del territorio, per la maggior parte corallino.

La tabella sottoelencata riassume statisticamente la situazione climatica:

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